歷史沿革篇
古老的“絲綢之路”起始于中國，連接亞洲、非洲，最終到達(dá)歐洲大陸。它不僅是古代亞歐互通有無的商貿(mào)大道，更是促進(jìn)亞歐各國與中國進(jìn)行友好往來、文化溝通的友誼之路。自西漢張騫“鑿空西域”，首次開通絲綢之路以來，“西域”這一地理名詞作為絲綢之路必經(jīng)之地而聞名遐邇。斗轉(zhuǎn)星移，時空流轉(zhuǎn)，昔日的“西域”成為如今的“新疆”，隨著“絲綢之路經(jīng)濟(jì)帶”戰(zhàn)略規(guī)劃的推出，古老的絲綢之路日益煥發(fā)出新的生機(jī)與活力，而新疆也因其獨(dú)特的區(qū)位優(yōu)勢和向西開放的重要窗口，成為絲綢之路經(jīng)濟(jì)帶建設(shè)的核心區(qū)。
新疆分院成立于1957年7月30日，作為中國科學(xué)院在少數(shù)民族地區(qū)設(shè)立的唯一一所分院，具有重要的戰(zhàn)略意義。創(chuàng)立之初，新疆分院即定位為新疆的經(jīng)濟(jì)、社會、科技發(fā)展服務(wù)。改革開放以來，尤其是伴隨著西部大開發(fā)的強(qiáng)勁東風(fēng)，新疆分院順利進(jìn)入中國科學(xué)院國家知識創(chuàng)新工程序列，經(jīng)過60年的銳意進(jìn)取、開拓創(chuàng)新，現(xiàn)已成為自治區(qū)重要的綜合性科學(xué)研究基地和高級人才培養(yǎng)基地、成為新疆“生態(tài)文明”建設(shè)領(lǐng)域的一支主導(dǎo)力量、成為中國科學(xué)院服務(wù)新疆的“橋頭堡”和高新技術(shù)的創(chuàng)新、集成和轉(zhuǎn)移基地、成為我國綜合性天文研究機(jī)構(gòu)之一，為新疆民族團(tuán)結(jié)、社會穩(wěn)定和長治久安提供了有力的科技支撐。
一、分院籌建期(1957.7—1960.4)
新疆維吾爾自治區(qū)成立后不久，在時任新疆維吾爾自治區(qū)人民委員會主席包爾漢·沙赫德拉同志的倡議下，新疆維吾爾自治區(qū)人民委員會于1955年12月26日致函中國科學(xué)院，建議成立中國科學(xué)院新疆分院。1956年2月25日，中國科學(xué)院復(fù)函給自治區(qū)，表示同意成立新疆分院。
3月29日，自治區(qū)人民委員會第五次全體會議通過了由包爾漢任主任的14人中國科學(xué)院新疆分院籌備委員會，為中國科學(xué)院在新疆籌建分院開展前期工作。1957年7月30日，中國科學(xué)院發(fā)布通告：經(jīng)國務(wù)院批準(zhǔn)，正式成立中國科學(xué)院新疆分院籌備委員會，由包爾漢·沙赫德拉(中國人民政治協(xié)商會議全國委員會副主席)兼任籌委會主任，艾斯海提·依斯哈科夫、吾依古爾·沙依然、谷苞為副主任。這個通告的發(fā)布，成為新疆分院建院歷史的發(fā)端。由此，分院創(chuàng)建者開始了白手起家、艱苦創(chuàng)業(yè)的建院過程。
中國科學(xué)院新疆分院籌委會成立之際，正值國家剛剛吹響“向科學(xué)進(jìn)軍”的號角，為新疆分院籌建工作提供了趁勢而起的東風(fēng)。根據(jù)當(dāng)時我國編制的第一個科技發(fā)展規(guī)劃——《國務(wù)院1956年--1967年科學(xué)技術(shù)發(fā)展遠(yuǎn)景規(guī)劃》，中國科學(xué)院系統(tǒng)在新疆建立的研究機(jī)構(gòu)中，自然科學(xué)方面的有動物、植物(附植物園)、土壤、地質(zhì)、地理、有機(jī)合成、天文等7個研究所(室、臺)，社會科學(xué)方面的計(jì)有歷史、語言民族文學(xué)、經(jīng)濟(jì)、考古等4個研究所(室)。1958年9月16日，新疆維吾爾自治區(qū)黨委結(jié)合本地經(jīng)濟(jì)建設(shè)的需求，批準(zhǔn)新疆分院籌委會建立石油、地質(zhì)、冶金、化學(xué)、物理等5個研究所。后經(jīng)整合合并，新疆分院籌委會計(jì)劃建立的科研機(jī)構(gòu)共14個。
在中國科學(xué)院和自治區(qū)黨委、自治區(qū)人民委員會的支持和領(lǐng)導(dǎo)下，新疆分院籌委會設(shè)立了秘書科、計(jì)劃科、人事科和總務(wù)科4個工作機(jī)構(gòu)開展籌備工作。同時，分院籌委會確立“一邊籌建、一邊開展研究工作”的方針，逐步建立并擴(kuò)展了下設(shè)的研究機(jī)構(gòu)。1957年，分院籌委會下設(shè)有歷史研究室、地質(zhì)研究組、地理研究組、生物研究組；第二年，增設(shè)化驗(yàn)室和土壤研究組，保留歷史研究室和生物研究組，將地質(zhì)和地理兩個研究組合并為地質(zhì)地理研究室。1959年，自治區(qū)黨委批準(zhǔn)分院成立的研究機(jī)構(gòu)有物理研究所、化學(xué)研究所、社會科學(xué)研究所、地質(zhì)地理研究室、生物土壤研究室、科學(xué)技術(shù)情報(bào)研究室、人造衛(wèi)星觀測站和圖書室等單位，同時決定隸屬自治區(qū)的農(nóng)業(yè)、林業(yè)、畜牧獸醫(yī)三個研究所也歸并到分院領(lǐng)導(dǎo)之下(編制屬于自治區(qū))，分院籌委會研究力量大大增強(qiáng)。
隨著各項(xiàng)籌備工作的就緒，新疆分院迎來正式建院的日子。1960年4月1日，經(jīng)中國科學(xué)院第二次院務(wù)會議通過并報(bào)經(jīng)國家科委批準(zhǔn)，中國科學(xué)院新疆分院正式成立。新疆分院第一任院長由包爾漢擔(dān)任，副院長由涂治、王漢興、方明和谷苞擔(dān)任，秘書長由哈琳擔(dān)任。
當(dāng)年年底，新疆分院職工人數(shù)達(dá)到814人，分院院部行政管理機(jī)構(gòu)設(shè)立有辦公室、人事保衛(wèi)處、業(yè)務(wù)計(jì)劃處和行政管理處四個處(室)；下設(shè)單位有中國科學(xué)院新疆分院物理研究所、中國科學(xué)院新疆分院化學(xué)研究所、中國科學(xué)院新疆分院民族研究所(編制在自治區(qū))、中國科學(xué)院新疆分院地質(zhì)研究室、中國科學(xué)院新疆分院生物研究組、中國科學(xué)院新疆分院土壤研究組、中國科學(xué)院新疆分院情報(bào)研究室、圖書館、試驗(yàn)工廠等。
二、科研起步期(1960.4—1966.5)
作為中國科學(xué)院設(shè)立的省級分院，新疆分院建院以后，以中國科學(xué)院領(lǐng)導(dǎo)為主，同時接受自治區(qū)的雙重領(lǐng)導(dǎo)。新疆分院承擔(dān)的任務(wù)是：在地方黨政領(lǐng)導(dǎo)下，管理研究機(jī)構(gòu)的思想政治工作和行政工作；業(yè)務(wù)上在中國科學(xué)院院部的指導(dǎo)下，負(fù)責(zé)各科研機(jī)構(gòu)的學(xué)科方向、長遠(yuǎn)規(guī)劃、年度計(jì)劃的審定，督促、檢查科研機(jī)構(gòu)研究計(jì)劃的執(zhí)行，開展學(xué)術(shù)交流活動，職工培訓(xùn)，科研條件和生活后勤的保障與管理等。
1962年以后，根據(jù)黨中央提出的“調(diào)整、鞏固、充實(shí)、提高”八字方針，以及國家機(jī)關(guān)精簡機(jī)構(gòu)的指示，中國科學(xué)院開始撤銷省級分院，建立六個大區(qū)分院。新疆分院作為唯一建立在少數(shù)民族自治區(qū)的分院，在中國科學(xué)院精簡省級分院中被保留下來，接受新成立的中國科學(xué)院西北分院和新疆維吾爾自治區(qū)的雙重領(lǐng)導(dǎo)。1962年8月，自治區(qū)黨委在落實(shí)中央精簡機(jī)構(gòu)的指示中，決定自治區(qū)科委、科協(xié)和中國科學(xué)院新疆分院三個領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)行政上合署辦公，統(tǒng)稱“三科”機(jī)關(guān)，黨的工作由“科學(xué)黨組”(又稱“三科黨組”)統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)。新疆分院設(shè)立機(jī)關(guān)黨委，直屬研究機(jī)構(gòu)黨的工作由“三科黨組”和機(jī)關(guān)黨委統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)，業(yè)務(wù)行政工作由分院領(lǐng)導(dǎo)。
新疆分院對直屬研究機(jī)構(gòu)和人員隊(duì)伍同樣進(jìn)行了精簡調(diào)整。根據(jù)中國科學(xué)院西北分院《關(guān)于研究所機(jī)構(gòu)設(shè)置的幾項(xiàng)原則規(guī)定》，新疆分院院部設(shè)立的行政機(jī)構(gòu)有：機(jī)關(guān)黨委、辦公室、人事處(含保衛(wèi)科)、行政處(含財(cái)務(wù)科、總務(wù)科)和條件器材處。各研究機(jī)構(gòu)調(diào)整合并的情況如下：
物理研究所在成立之后不久，接受了中國科學(xué)院力學(xué)研究所移交的風(fēng)能利用研究項(xiàng)目，1961年，代管人造衛(wèi)星觀測站和科學(xué)儀器廠。物理所設(shè)置的研究室和研究組有：原子能研究室、半導(dǎo)體研究組、計(jì)算技術(shù)研究組、人造衛(wèi)星觀測站等。
化學(xué)研究所剛成立時有無機(jī)、生化、半導(dǎo)體化學(xué)和技術(shù)四個組，經(jīng)過多次精簡調(diào)整為生化研究組和中心化驗(yàn)組兩個研究單元。
1961年4月，在分院原有生物、地理、土壤等研究室和中國科學(xué)院新疆綜合考察隊(duì)下放的部分人員、設(shè)備的基礎(chǔ)上，合并中國科學(xué)院冰雪利用研究隊(duì)移交的天山觀測站及部分人員、中國科學(xué)院治沙隊(duì)移交的莎車和莫索灣兩個中心試驗(yàn)站及部分人員，組成中國科學(xué)院新疆分院水土生物資源綜合研究所。綜合所內(nèi)的研究室和研究組有：地理室(包括水源利用研究組和綜合經(jīng)濟(jì)研究組)、生物室、土壤室和云霧物理研究組、沙漠改造利用研究組。
1962年，中國科學(xué)院對人衛(wèi)系統(tǒng)進(jìn)行調(diào)整，烏魯木齊人造衛(wèi)星觀測站人員由10人精簡到4人，歸中國科學(xué)院人造衛(wèi)星觀測辦公室(與紫金山天文臺人造衛(wèi)星研究室是一套班子、兩塊牌子)直接領(lǐng)導(dǎo)，中國科學(xué)院新疆分院物理研究所仍為代管單位。
地質(zhì)研究室一度由水土所代管，后又由分院收回直接管理，分為水文、石油、巖礦、古生物、物探等五個專業(yè)研究組。
隨著研究工作的開展，新疆分院水土生物資源綜合研究所學(xué)科多、任務(wù)雜、戰(zhàn)線長的問題日益顯現(xiàn)。經(jīng)過新疆分院的權(quán)衡考慮，提出將承擔(dān)新疆水利資源、積雪資源、農(nóng)業(yè)地貌與生產(chǎn)布局等方面調(diào)查研究工作的地理室從水土所劃出，與新疆分院地質(zhì)室合并，成立地質(zhì)地理研究
所的調(diào)整方案。1965年7月19日，經(jīng)中國科學(xué)院西北分院同意，新疆分院成立地質(zhì)地理研究所，并將水土生物資源綜合研究所該名為生物土壤研究所。
經(jīng)過精簡調(diào)整后的分院研究機(jī)構(gòu)，緊密結(jié)合自治區(qū)農(nóng)牧業(yè)及工礦業(yè)發(fā)展中最急迫的需要開展研究工作。為了配合科研工作的開展，新疆分院和下屬研究機(jī)構(gòu)在這一時期相繼關(guān)閉了莎車治沙站等野外站點(diǎn)，同時新建了瑪納斯土壤站、庫爾勒遺傳站、新和土壤改良站、地磁臺工程等。
三、“文革”時期(1966.5—1977.11)
1966年5月，我國進(jìn)入了“文化大革命”“十年動亂”時期，新疆分院職工參與“全國大串聯(lián)”活動，使分院管理和業(yè)務(wù)研究工作受到一定影響。1967年“一月奪權(quán)”后，“三科”領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)陷入癱瘓。3月15日后，軍隊(duì)介入地方政權(quán)管理，新疆軍區(qū)先后幾次派軍宣隊(duì)進(jìn)駐“三科”機(jī)關(guān)及下屬單位，代替“三科”機(jī)關(guān)及新疆分院各級組織行使領(lǐng)導(dǎo)權(quán)。
1970年5月，經(jīng)自治區(qū)革命委員會批準(zhǔn)，自治區(qū)科委、科協(xié)和中國科學(xué)院新疆分院分別成立革命委員會，取代了“三科”機(jī)關(guān)，工作機(jī)構(gòu)也由政工、辦事、生產(chǎn)三大組取代了“三科”機(jī)關(guān)下設(shè)的辦公室、人事處、行政處，新疆分院直屬研究機(jī)構(gòu)也相繼成立革命委員會。
7月15日，中國科學(xué)院報(bào)請國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷新疆分院，將新疆分院所屬的研究機(jī)構(gòu)全部下放給自治區(qū)管理。8月20日，新疆維吾爾自治區(qū)革命委員會決定成立新疆地震隊(duì)，中國科學(xué)院新疆分院地質(zhì)地理所并入新疆地震隊(duì)，由自治區(qū)科學(xué)技術(shù)委員會革命委員會領(lǐng)導(dǎo)。9月，新疆維吾爾自治區(qū)革命委員會決定將科委、科協(xié)和科學(xué)分院三個領(lǐng)導(dǎo)機(jī)關(guān)改為自治區(qū)科技局，原屬新疆分院的研究機(jī)構(gòu)歸自治區(qū)科技局(后又改為科委)領(lǐng)導(dǎo)。1972年5月，前烏魯木齊人造衛(wèi)星觀測站改為中國科學(xué)院和新疆維吾爾自治區(qū)雙重領(lǐng)導(dǎo)，紫金山天文臺為業(yè)務(wù)歸口單位。
在新疆分院及所屬研究機(jī)構(gòu)下放自治區(qū)領(lǐng)導(dǎo)期間，自治區(qū)科委(科技局)完整地保留了各單位的人員、設(shè)備，并繼續(xù)組織開展相應(yīng)的科研工作。1974年，生物土壤所更名為生物土壤沙漠所。正是由于各研究所在隸屬自治區(qū)科委(科技局)時期繼續(xù)開展科研工作，為新疆分院后來的恢復(fù)重建和發(fā)展保全了力量。
四、恢復(fù)調(diào)整期(1977.11—1998)
1976年10月6日，以華國鋒、葉劍英、李先念等為代表的中共中央政治局，采取斷然措施，粉碎了“四人幫”，結(jié)束了“文化大革命”的“十年動亂”，黨和國家各項(xiàng)事業(yè)萌發(fā)出新的活力。1977年，復(fù)出后的鄧小平主動要求主管科技和教育工作，提出“科學(xué)技術(shù)就是第一生產(chǎn)力”的著名論斷，猶如一聲驚雷，復(fù)蘇了科學(xué)的春天。
1977年10月30日，新疆維吾爾自治區(qū)黨委致函中國科學(xué)院，認(rèn)為文革前中國科學(xué)院新疆分院的設(shè)立，對當(dāng)時自治區(qū)的科技和經(jīng)濟(jì)發(fā)展起到了積極的促進(jìn)作用，應(yīng)當(dāng)恢復(fù)新疆分院，以便促進(jìn)撥亂反正后新疆科技與經(jīng)濟(jì)的新一輪發(fā)展。中國科學(xué)院根據(jù)這一要求，向國務(wù)院上報(bào)了關(guān)于恢復(fù)新疆分院的請示，得到黨中央、國務(wù)院的高度重視，鄧小平在報(bào)告上批示“擬同意”。11月27日，黨中央、國務(wù)院正式批文，同意新疆分院自1978年3月1日起恢復(fù)。在中央指定恢復(fù)分院的這一天，新疆分院召開了隆重的職工慶祝大會，標(biāo)志著中國科學(xué)院新疆分院在經(jīng)歷十年曲折歷程之后正式重建。
伴隨著新疆分院的恢復(fù)，下放到自治區(qū)的科研機(jī)構(gòu)也回到中國科學(xué)院的業(yè)務(wù)領(lǐng)導(dǎo)之下。1978年9月29日，經(jīng)新疆分院與自治區(qū)協(xié)商，并報(bào)請中國科學(xué)院批準(zhǔn)，共恢復(fù)了中國科學(xué)院新疆物理研究所、中國科學(xué)院新疆化學(xué)研究所、中國科學(xué)院新疆生物土壤沙漠研究所、中國科學(xué)院烏魯木齊人造衛(wèi)星觀測站、科學(xué)儀器廠、圖書館七個院屬業(yè)務(wù)單位。地質(zhì)地理研究所在文革期問轉(zhuǎn)制成為新疆地震大隊(duì)，此時也抽出原屬地質(zhì)地理所地理室的人員，與生土所部分地理專業(yè)人員組建了中國科學(xué)院新疆地理研究所，歸屬科學(xué)院管理。回歸后的院屬研究所，名稱上有所變動，省去了下放以前原名稱中的“分院”兩字，如中國科學(xué)院新疆分院物理研究所更名為中國科學(xué)院新疆物理研究所，以此類推。這一時期，中國科學(xué)院實(shí)行院所兩級管理體制，各研究機(jī)構(gòu)和業(yè)務(wù)(學(xué)科方向、科研任務(wù))分別由中國科學(xué)院有關(guān)學(xué)部指導(dǎo)，其他工作均由分院直接領(lǐng)導(dǎo)。
但是，由于院屬新疆各研究機(jī)構(gòu)回歸之初的級別為縣團(tuán)級，比中國科學(xué)院院所兩級領(lǐng)導(dǎo)體制要求的級別低，同時新疆分院還作為一個典型的基地性分院發(fā)揮作用，因此，在實(shí)際工作中，中國科學(xué)院設(shè)在新疆的機(jī)構(gòu)當(dāng)時還實(shí)行中國科學(xué)院、分院、研究所三級領(lǐng)導(dǎo)體制。
1985年4月10日，中國科學(xué)院下發(fā)文件，明確要求設(shè)在新疆的研究機(jī)構(gòu)和中國科學(xué)院院所兩級領(lǐng)導(dǎo)體制一致，新疆分院作為中國科學(xué)院派出機(jī)構(gòu)，代表中國科學(xué)院院領(lǐng)導(dǎo)設(shè)在新疆的研究機(jī)構(gòu)。隨后，經(jīng)中國科學(xué)院與自治區(qū)黨委、政府協(xié)商，自治區(qū)編制委員會于1989年批準(zhǔn)院屬四個研究所升格為二級局(副廳局)單位，1995年再次升格為正廳級單位，與中國科學(xué)院院所兩級體制的要求相符合，充分體現(xiàn)了自治區(qū)黨委和人民政府對于中國科學(xué)院駐新疆單位的關(guān)心和支持。
1983年5月5日，新疆物理所向中國科學(xué)院呈報(bào)了《關(guān)于新疆物理所改革、整頓工作方案》，方案得到了中國科學(xué)院和新疆分院的批準(zhǔn)，新疆物理所被列為中國科學(xué)院改革試點(diǎn)所之一。新疆物理所在實(shí)施改革中，先后成立了新疆傳感器儀表公司、新疆大通電子高技術(shù)公司、新疆計(jì)算機(jī)控制工程公司和新疆熱縮材料有限公司四個開發(fā)實(shí)體，成功走出一條科技開發(fā)的道路。其他所、站也先后依此進(jìn)行改革，建立科技開發(fā)渠道。
1985年中央發(fā)布《中共中央關(guān)于科學(xué)技術(shù)體制改革的決定》后，新疆分院及院屬單位在中國科學(xué)院的統(tǒng)一部署下，開始改革嘗試。第二年起，各研究所相繼實(shí)行所長負(fù)責(zé)制，并逐步推行課題核算責(zé)任制，擴(kuò)大研究所和課題組的自主權(quán)，促使科技事業(yè)向影響深遠(yuǎn)的發(fā)展時期邁進(jìn)。
1985年1月1日起，經(jīng)過中國科學(xué)院同意，烏魯木齊人衛(wèi)站在國際交流工作中使用“中國科學(xué)院烏魯木齊天文站”的中英文印鑒。1987年10月26日，中國科學(xué)院正式批準(zhǔn)“中國科學(xué)院烏魯木齊人造衛(wèi)星觀測站”更名為“中國科學(xué)院烏魯木齊天文站”。
1991年，根據(jù)《中國科學(xué)院三定方案》中提出的“一院兩種運(yùn)行機(jī)制”的發(fā)展模式，新疆分院機(jī)關(guān)設(shè)立辦公室、計(jì)劃條件處、高技術(shù)企業(yè)處、人事教育處、監(jiān)察審計(jì)處、行政基建處、保衛(wèi)處、財(cái)務(wù)處8個處室和黨委辦公室、開發(fā)新疆科研工作辦公室、《中國科學(xué)報(bào)》新疆記者站3個機(jī)構(gòu)，開展領(lǐng)導(dǎo)與服務(wù)工作。同時，新疆分院機(jī)關(guān)還對新設(shè)立的外事處(含國際學(xué)術(shù)交流中心、科學(xué)探險(xiǎn)協(xié)會新疆分會)、生活后勤服務(wù)中心、圖書館、科學(xué)儀器廠、分院子女小學(xué)、專利事務(wù)所等6個事業(yè)單位行使主管權(quán)利。經(jīng)核定，分院機(jī)關(guān)編制82人，附屬單位編制270人，代管單位編制4人。
隨著1995年《中共中央、國務(wù)院關(guān)于加速科學(xué)技術(shù)進(jìn)步的決定》和1996年國務(wù)院《關(guān)于“九五”期間深化科技體制改革的決定》相繼出臺，國家科教興國和可持續(xù)發(fā)展戰(zhàn)略進(jìn)一步明確，中國科學(xué)院也相繼頒布了一系列管理?xiàng)l例，推進(jìn)包括機(jī)構(gòu)設(shè)置和編制管理在內(nèi)的多種體制改革措施。新疆分院在積極推動和協(xié)調(diào)研究所進(jìn)行改革的同時，本著調(diào)整結(jié)構(gòu)、精干隊(duì)伍、強(qiáng)化服務(wù)、明確工作職能、完善運(yùn)行機(jī)制的原則，積極推進(jìn)分院機(jī)關(guān)的改革。分院機(jī)關(guān)人員編制縮減到61人，設(shè)立的處室調(diào)減為7個，分別是：辦公室、黨辦人教處、科研開發(fā)處、監(jiān)察審計(jì)處、財(cái)務(wù)處、公安處和行政基建處。分院附屬單位為圖書館(新疆信息文獻(xiàn)中心)和科學(xué)儀器廠、后勤服務(wù)中心、科學(xué)院子校、幼兒園、分院接待中心。
1992年6月，中國科學(xué)院批準(zhǔn)新疆物理研究所《關(guān)于勞動工資和人事制度試點(diǎn)工作方案》。新疆物理所被列為中國科學(xué)院“擴(kuò)大勞動工資和人事制度改革"50個試點(diǎn)單位之一。1995年，物理所行政管理改革初步實(shí)現(xiàn)了管理與服務(wù)職能分離，中層干部全部實(shí)行了“聘任制”，管理部門按任務(wù)、職務(wù)、目標(biāo)重新定崗，完成了職員套改。1996年，新疆物理研究所專業(yè)技術(shù)職務(wù)實(shí)行按需設(shè)崗、按崗聘任；1997年，對專業(yè)技術(shù)職務(wù)人員全面實(shí)行簽訂《聘任責(zé)任書》的制度；1999年，實(shí)行了“全員勞動合同制”聘用和聘任工作。其他研究所、站也相繼進(jìn)行了同類改革，實(shí)行專業(yè)技術(shù)職務(wù)分級，實(shí)行工資總額包干，管理人員職員職級制，工人考工定級，初步打破了長期存在的“大鍋飯”和平均主義，初步解決了“人浮于事”的問題。
經(jīng)過恢復(fù)重建以來20年的調(diào)整和改革實(shí)踐，新疆分院和院屬單位改變了原來單一、封閉的計(jì)劃管理體制，各研究所走上面向市場、自主開發(fā)的道路，圍繞國家、自治區(qū)國民經(jīng)濟(jì)建設(shè)的主戰(zhàn)場，投入主要科技力量積極開展適應(yīng)社會需求的科研開發(fā)活動，不斷取得具有相當(dāng)影響力的研發(fā)新成就。
1998年初，在歷時近半年的戰(zhàn)略研究基礎(chǔ)上，中國科學(xué)院向黨中央提出了《迎接知識經(jīng)濟(jì)時代，建設(shè)國家創(chuàng)新體系》的研究報(bào)告。2月4日，江澤民總書記在報(bào)告上做出重要批示：“知識經(jīng)濟(jì)、創(chuàng)新意識對于我們21世紀(jì)的發(fā)展至關(guān)重要。東南亞的金融風(fēng)波使傳統(tǒng)產(chǎn)業(yè)的發(fā)展有所減慢，但對產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)的調(diào)整則提供了機(jī)遇，科學(xué)院提了一些設(shè)想，又有一支隊(duì)伍，我認(rèn)為可以支持他們搞些試點(diǎn)，先走一步，真正搞出我們自己的創(chuàng)新體系。”根據(jù)這一批示，中國科學(xué)院結(jié)合自身改革與發(fā)展的實(shí)際，向國務(wù)院提交了《關(guān)于實(shí)施知識創(chuàng)新匯報(bào)提綱》。6月，國務(wù)院科教領(lǐng)導(dǎo)小組第一次會議審議并原則通過了這個提綱，中國科學(xué)院率先在全國進(jìn)行國家知識創(chuàng)新工程的試點(diǎn)工作。
五、創(chuàng)新發(fā)展期（1998-2010）
知識創(chuàng)新工程的實(shí)施，為地處邊疆的新疆分院帶來新的發(fā)展機(jī)遇。1999年，烏魯木齊天文站與中國科學(xué)院其它天文臺站一起首批進(jìn)入中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程試點(diǎn)單位，重點(diǎn)發(fā)展射電天文學(xué)，發(fā)揮VLBI不可替代的國際聯(lián)測地位，開創(chuàng)了科研發(fā)展的新局面；2001年，中國科學(xué)院國家天文臺成立，烏魯木齊天文站改名為“中國科學(xué)院國家天文臺烏魯木齊天文站”。自進(jìn)入知識創(chuàng)新工程以后，烏魯木齊天文站建設(shè)和完善了25米射電天文望遠(yuǎn)鏡天線系統(tǒng)，被列入國家天文臺五大觀測基地之一。
1998年，新疆生土所和新疆地理所根據(jù)中國科學(xué)院基地型研究所建設(shè)的要求，展開了兩所聯(lián)合重組工作，進(jìn)行了一系列實(shí)驗(yàn)室建設(shè)和野外站點(diǎn)改造工程，實(shí)現(xiàn)資源配置優(yōu)化，為進(jìn)入創(chuàng)新基地積極準(zhǔn)備條件。7月，在兩所聯(lián)合重組基礎(chǔ)上中國科學(xué)院新疆生態(tài)與地理研究所(以下簡稱新疆生地所)掛牌成立；12月，新所完成研究室整合，將原兩所的十三個研究室、三個技術(shù)室調(diào)整為五個研究室，任命了研究室主任。在分院機(jī)關(guān)的幫助和支持下，新疆生地所按中國科學(xué)院確定的指導(dǎo)方針，健全機(jī)構(gòu)，加快內(nèi)部調(diào)整，落實(shí)重大課題，形成新的運(yùn)行機(jī)制，為進(jìn)入知識創(chuàng)新試點(diǎn)工程做好準(zhǔn)備。同年，新疆生地所被納入知識創(chuàng)新工程基地型研究所，并于2001年進(jìn)入知識創(chuàng)新二期試點(diǎn)單位序列，為建設(shè)中亞干旱區(qū)資源環(huán)境和可持續(xù)發(fā)展研究基地發(fā)揮主力作用。
新疆分院機(jī)關(guān)在中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程實(shí)施的新形勢下，于1999年啟動機(jī)關(guān)改革的步伐，出臺《中國科學(xué)院新疆分院機(jī)構(gòu)、崗位設(shè)置及職責(zé)》改革方案，按照“按需設(shè)崗、按崗聘用、公開告示、競爭上崗”和“公開、公平、公正”的原則。在機(jī)構(gòu)改革和調(diào)整方面，新疆分院機(jī)關(guān)由原來的7個處室，精減為4個處室，分別是綜合辦公室(編制4人)、人事教育處(編制3.5人)、科技開發(fā)處(編制3人)、財(cái)務(wù)基建處(編制3.5人)；并設(shè)立了機(jī)關(guān)支撐機(jī)構(gòu)和機(jī)關(guān)單設(shè)機(jī)構(gòu)以及機(jī)關(guān)后勤服務(wù)組。分別是：公安處、地區(qū)聯(lián)合審計(jì)組、離退休人員辦公室、分院工會。另外，新疆分院機(jī)關(guān)新一輪的改革針對有多年管理經(jīng)驗(yàn)、又具有較高政策水平、未到退休年齡的副處以上干部，設(shè)立了咨詢調(diào)研室，含有編制4人。
2001年，新疆分院根據(jù)中國科學(xué)院科發(fā)人教字[2001]415號《關(guān)于分院改革的指導(dǎo)意見》精神，依據(jù)明確職能、精簡機(jī)構(gòu)、優(yōu)化人員、提高效率的要求，通過合理的設(shè)崗，公平、公開的競聘，進(jìn)一步優(yōu)化了新疆分院的機(jī)關(guān)管理隊(duì)伍。新的改革方案為：分院機(jī)關(guān)管理崗位設(shè)16人(包括3位院領(lǐng)導(dǎo))，設(shè)職能處室3個，分別是：綜合辦公室，崗位職數(shù)4人，設(shè)正副主任各1人，管理崗位2人；組織人事處，崗位職數(shù)5人，設(shè)正副處長各1人，管理崗位3人；科技合作處，崗位編制4人，設(shè)處長1名，財(cái)務(wù)主管1人，管理崗位2人。2002年，改革后的新疆分院進(jìn)入中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程的序列。
2001年后，新疆分院集中力量著手新疆物理所與新疆化學(xué)所聯(lián)合重組的準(zhǔn)備工作，協(xié)調(diào)幫助兩所領(lǐng)導(dǎo)班子和科技人員統(tǒng)一認(rèn)識，討論研究所在中國科學(xué)院體制轉(zhuǎn)換過程中和西部大開發(fā)啟動階段的發(fā)展模式。2002年3月28日，中國科學(xué)院新疆理化技術(shù)研究所(以下簡稱新疆理化技術(shù)研究所)在兩所合并重組的基礎(chǔ)上掛牌成立，這是中國科學(xué)院實(shí)施國家知識創(chuàng)新工程，進(jìn)行研究所結(jié)構(gòu)調(diào)整，更好地為西部大開發(fā)服務(wù)的一項(xiàng)重大舉措。原新疆物理所輻射物理和敏感材料專業(yè)在全國處于領(lǐng)先水平，計(jì)算機(jī)應(yīng)用研究與開發(fā)在新疆起到帶頭作用。原新疆化學(xué)所在石油天然氣開采的相關(guān)領(lǐng)域(如強(qiáng)化采油表面化學(xué)方面)、生物化學(xué)(生物資源的深加工和利用)、基因?qū)爰夹g(shù)和育種方面形成了在國內(nèi)有特色和優(yōu)勢的學(xué)科。兩所合并以前，《復(fù)合驅(qū)強(qiáng)化采油技術(shù)中重大基礎(chǔ)性研究項(xiàng)目》《中型水泥窯自動化控制》《MOS電路輻射效應(yīng)及其加固的研究》《30萬噸合成氨污水中重金屬鎳的處理》《焦?fàn)t加熱微型機(jī)最優(yōu)控制系統(tǒng)》等一大批實(shí)用性成果成功解決了國民經(jīng)濟(jì)建設(shè)中的重大問題，為地方經(jīng)濟(jì)發(fā)展提供了有力的科技支撐。新疆理化技術(shù)研究所在原物理所和原化學(xué)所的基礎(chǔ)上，通過對學(xué)科的重新調(diào)整，優(yōu)化資源配置，實(shí)現(xiàn)了合理學(xué)科布局，優(yōu)勢互補(bǔ)，成為一個以高技術(shù)創(chuàng)新和發(fā)展為主體的研究所，重點(diǎn)面向新疆國民經(jīng)濟(jì)和社會發(fā)展在生物資源、能源、材料深度加工以及信息技術(shù)方面的需求，開展在這些領(lǐng)域的高技術(shù)創(chuàng)新并帶動和發(fā)展高新產(chǎn)業(yè)，為區(qū)域經(jīng)濟(jì)發(fā)展與結(jié)構(gòu)調(diào)整提供有力的技術(shù)支持。隨著該所對油田輕烴的綜合深加工技術(shù)和利用、多晶氧化物半導(dǎo)體微結(jié)構(gòu)的修飾和控制、構(gòu)建新疆特有生物資源的名特藥物開發(fā)高技術(shù)平臺、糖脂肪酸脂表面活性劑中試、“數(shù)字新疆”關(guān)鍵技術(shù)研究、抗輻射加固共性關(guān)鍵技術(shù)研究、極端環(huán)境條件下的特種傳感器研制等重大項(xiàng)目實(shí)施和一批高技術(shù)產(chǎn)業(yè)化目標(biāo)的實(shí)現(xiàn)，新疆理化技術(shù)研究所進(jìn)入中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程的條件逐漸成熟。同年5月，新疆理化技術(shù)研究所順利進(jìn)入知識創(chuàng)新工程二期試點(diǎn)。
進(jìn)入知識創(chuàng)新工程試點(diǎn)序列后，新疆分院機(jī)關(guān)和各所、臺在用人機(jī)制、分配機(jī)制、科研機(jī)制、人才培養(yǎng)機(jī)制、院地合作機(jī)制等各方面都作出了改革，進(jìn)一步精簡人員、提高效率，加大投入力度，瞄準(zhǔn)世界科學(xué)前沿和區(qū)域發(fā)展的重大需求，創(chuàng)新工作領(lǐng)域和工作方式，開展卓有成效的基礎(chǔ)科學(xué)研究和技術(shù)集成工作，取得了顯著的研究成果，為新疆分院進(jìn)一步發(fā)展奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ)。
2006-2010年中科院以爭取承擔(dān)國家科技任務(wù)為重點(diǎn)，以科技創(chuàng)新基地建設(shè)為抓手，全面啟動知識創(chuàng)新工程三期工作，新疆分院按照相中科院要求，全部進(jìn)入知識創(chuàng)新工程三期，不斷研發(fā)創(chuàng)新成果，促進(jìn)成果轉(zhuǎn)移轉(zhuǎn)化，取得了一大批基礎(chǔ)性和應(yīng)用性的科研成果。
六、“創(chuàng)新2020”“率先行動”期（2010—至今）
2010年4月21日，中國科學(xué)院召開全院視頻會議，時任院長、黨組書記路甬祥就中科院實(shí)施“創(chuàng)新2020”提出要求，下半年啟動試點(diǎn)，2011年全面實(shí)施?！皠?chuàng)新2020”總體目標(biāo)：經(jīng)過10年努力，有效解決一批事關(guān)中國現(xiàn)代化全局的戰(zhàn)略性科技問題，在一些重要領(lǐng)域進(jìn)入世界前列，培養(yǎng)凝聚一支高水平科技創(chuàng)新隊(duì)伍，形成一批高水平科技創(chuàng)新平臺與成果轉(zhuǎn)化基地，在中國科技事業(yè)發(fā)展中發(fā)揮服務(wù)全局、骨干引領(lǐng)和示范帶動作用，成為在世界上有重要影響的一流研究機(jī)構(gòu)。中科院實(shí)施“創(chuàng)新2020”是黨中央國務(wù)院著眼于應(yīng)對國際金融危機(jī)和后危機(jī)時代的大變革、大調(diào)整、大發(fā)展，著眼于抓住新一輪科技革命的重要?dú)v史機(jī)遇，著眼于促進(jìn)我國經(jīng)濟(jì)社會科學(xué)發(fā)展、創(chuàng)新發(fā)展和可持續(xù)發(fā)展做出的重要戰(zhàn)略部署。中科院黨組按照中央關(guān)于新疆工作的部署和西部大開發(fā)精神，多次對新疆分院十二五規(guī)劃及“創(chuàng)新2020”思路的制訂做出指示。同年7、8月間，路甬祥院長兩次致信新疆分院對分院及兩所一站創(chuàng)新2020戰(zhàn)略規(guī)劃的制訂工作提出了具體要求，并委托詹文龍、丁仲禮兩位副院長赴新疆聽取了規(guī)劃制訂工作的初步匯報(bào)。根據(jù)兩位副院長及自治區(qū)領(lǐng)導(dǎo)的要求，新疆分院及兩所一站近期加強(qiáng)了與自治區(qū)及兄弟院所的對接，進(jìn)一步修訂規(guī)劃設(shè)想。
2013年7月17日，習(xí)近平總書記視察中科院并發(fā)表重要講話，充分肯定了我院60多年來的創(chuàng)新成就，高度評價我院是一支黨、國家、人民可以依靠、可以信賴的國家戰(zhàn)略科技力量，要求我院發(fā)揮集科研院所、學(xué)部和教育機(jī)構(gòu)于一體的優(yōu)勢，不斷出創(chuàng)新成果、出創(chuàng)新人才、出創(chuàng)新思想，并提出實(shí)現(xiàn)“四個率先”的要求，即“率先實(shí)現(xiàn)科學(xué)技術(shù)跨越發(fā)展，率先建成國家創(chuàng)新人才高地，率先建成國家高水平科技智庫，率先建設(shè)國際一流科研機(jī)構(gòu)”。
從2013年下半年開始，院黨組認(rèn)真學(xué)習(xí)、深刻領(lǐng)會黨中央、國務(wù)院領(lǐng)導(dǎo)重要講話和指示精神，深入分析外部形勢發(fā)展對我院提出的新任務(wù)和新要求，深入分析我院已有的基礎(chǔ)、優(yōu)勢和差距，形成了《“率先行動”計(jì)劃》總體框架，經(jīng)2013年冬季黨組擴(kuò)大會議審議原則通過，并于2015年2月12日對外發(fā)布了新時期的辦院方針，具體為“三個面向”、“四個率先”——面向世界科技前沿，面向國家重大需求，面向國民經(jīng)濟(jì)主戰(zhàn)場，率先實(shí)現(xiàn)科學(xué)技術(shù)跨越發(fā)展，率先建成國家創(chuàng)新人才高地，率先建成國家高水平科技智庫，率先建設(shè)國際一流科研機(jī)構(gòu)。新疆分院按照中國科學(xué)院新時期的辦院方針，積極推動各研究所臺機(jī)構(gòu)分類改革，新疆生地所進(jìn)入特色研究所、新疆理化技術(shù)研究所部分進(jìn)入藥物創(chuàng)新研究院、新疆天文臺整體進(jìn)入大科學(xué)院研究中心。
